В декабре 2016 года, согласно распоряжению Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки (Рособрнадзор), образовательная программа по направлению подготовки  48.04.01 Теология (уровень магистратуры), реализуемая Пензенской духовной семинарией, проходила аккредитационную экспертизу. С 12 по 16 декабря 2016 года члены экспертной группы проверяли учебно-методическую документацию, достаточность материально-технической базой семинарии, организацию учебного процесса и научно-исследовательской работы, выполнение требований Федерального государственного стандарта высшего образования.

На основании заключений по результатам аккредитационной экспертизы руководителем Рособрнадзора подписан приказ от 27 декабря 2016 года № 2191 «О переоформлении свидетельства о государственной аккредитации Религиозной организации – духовной образовательной организации высшего образования «Пензенская духовная семинария Пензенской Епархии Русской Православной Церкви», согласно которому образовательная программа по направлению подготовки  48.04.01 Теология (уровень магистратуры), реализуемая Пензенской духовной семинарией, получает государственную аккредитацию.

Руководство Пензенской духовной семинарии выражает огромную благодарность всем членам профессорско-преподавательской корпорации и сотрудникам, внесшим безмерный вклад в дело улучшения и возрастания уровня духовного образования в Пензенском крае.